根據(jù)國(guó)際慣例，中國(guó)對(duì)大多數(shù)出口產(chǎn)品實(shí)行增值稅退稅或免稅，僅對(duì)少部分不鼓勵(lì)出口的貨物征收出口增值稅。根據(jù)增值稅征管相關(guān)法律法規(guī)，國(guó)家已經(jīng)明確取消出口退稅的貨物，按國(guó)內(nèi)銷售稅率征收增值稅(或免征增值稅)。自上世紀(jì)90年代開始少量出口尿素以來(lái)的二十多年里，中國(guó)尿素出口經(jīng)歷了13%全額出口退稅、部分退稅和取消退稅，2014年相關(guān)部門又開始醞釀恢復(fù)征收增值稅。

中國(guó)尿素出口增值稅退稅始于稅制改革的1994年，直至2004年3月15日停止退稅。1994年1月1日起，《增值稅暫行條例》實(shí)施，國(guó)內(nèi)生產(chǎn)銷售尿素產(chǎn)品由產(chǎn)品稅改按13%低稅率征收增值稅。同時(shí)，與其他化工產(chǎn)品一樣，出口尿素實(shí)行增值稅零稅率，即退還國(guó)內(nèi)生產(chǎn)銷售環(huán)節(jié)實(shí)際負(fù)擔(dān)的增值稅(13%退稅率)。1995年7月1日起，在其他商品普調(diào)過(guò)程中，尿素出口增值稅退稅率下調(diào)至10%;1996年1月1日起，再次下調(diào)至6%。盡管有出口退稅政策，但當(dāng)時(shí)中國(guó)是尿素凈進(jìn)口國(guó)，只有在國(guó)內(nèi)銷售淡季部分沿海工廠少量出口。1994-1996年度，全國(guó)尿素年度出口量分別為5.6萬(wàn)噸、4.7萬(wàn)噸和19.7萬(wàn)噸。

1999年至2003年，在出口退稅政策的促進(jìn)下，中國(guó)尿素出口迅速增加。亞洲金融危機(jī)后，為了促進(jìn)出口，國(guó)家又多次上調(diào)出口商品的退稅率，尿素出口退稅率又分別于1999年1月1日和1999年7月1日起上調(diào)至9%和13%。1999年7月1日至2003年年底，這四年半的時(shí)間內(nèi)，尿素出口13%全額退稅。再加上國(guó)內(nèi)生產(chǎn)環(huán)節(jié)增值稅2001年度先征后返、2002年度先征后返50%的疊加效應(yīng)，中國(guó)尿素出口競(jìng)爭(zhēng)增強(qiáng)，出口量快速增加。2001年度中國(guó)尿素出口首超百萬(wàn)噸大關(guān)，達(dá)127.1萬(wàn)噸;2003年度出口量達(dá)273.0萬(wàn)噸。

2004年起，將“三農(nóng)”工作列為“重中之重”新一屆黨中央和國(guó)務(wù)院，把農(nóng)業(yè)生產(chǎn)資料的國(guó)內(nèi)供應(yīng)和價(jià)格調(diào)控作為保障三農(nóng)利益的一種措施，尿素的出口政策從此進(jìn)入了限制出口的新階段。加入了WTO后，中國(guó)外貿(mào)出口快速增長(zhǎng)，全額退稅也成了財(cái)政支出的一大負(fù)擔(dān)。2003年底，國(guó)家啟動(dòng)出口退稅制度改革，整體降低了出口退稅率水平，實(shí)行了部分退稅代替全額退稅、增設(shè)不予退稅品種等結(jié)構(gòu)性調(diào)整。2004年1月1日起，尿素出口由13%全額退稅調(diào)低為11%退稅率;2004年3月16日起，尿素出口退稅暫停一年，這也是唯一一次在國(guó)務(wù)院文件直接明確尿素產(chǎn)品出口退稅政策。由于國(guó)際尿素市場(chǎng)價(jià)格較高，暫停退稅雖然相應(yīng)降低了競(jìng)爭(zhēng)力，但2004年度中國(guó)尿素出口量仍創(chuàng)歷史紀(jì)錄，全年出口394.3萬(wàn)噸。隨后，尿素暫停退稅逐年順延至今，成了長(zhǎng)期不予退稅的貨物。

根據(jù)財(cái)政部、國(guó)家稅務(wù)總局《關(guān)于出口貨物退(免)稅若干具體問(wèn)題的通知》(財(cái)稅[2004]116號(hào))，已經(jīng)明確出口不予退稅的貨物，視同國(guó)內(nèi)銷售征收增值稅。2004年3月16日當(dāng)時(shí)的尿素國(guó)內(nèi)銷售增值稅政策是：尿素生產(chǎn)企業(yè)生產(chǎn)銷售尿素是先征后返50%政策，取消退稅后再出口的尿素13%征稅后再按實(shí)際稅負(fù)的一半返還生產(chǎn)企業(yè);而貿(mào)易企業(yè)批發(fā)、零售尿素按財(cái)政部、國(guó)家稅務(wù)總局《關(guān)于農(nóng)業(yè)生產(chǎn)資料征免增值稅政策的通知》(財(cái)稅[2001]113號(hào))規(guī)定免征增值稅，取消退稅后再出口尿素的貿(mào)易企業(yè)也視同國(guó)內(nèi)批發(fā)免征增值稅(同時(shí)從生產(chǎn)企業(yè)取得的進(jìn)項(xiàng)稅不得抵扣，直接計(jì)入成本)。

2005年7月起，由于尿素國(guó)內(nèi)銷售變?yōu)槊舛悾隹谀蛩匕炊惙ㄒ?guī)定也免征增值稅。經(jīng)國(guó)務(wù)院同意，2005年5月23日財(cái)政部、國(guó)家稅務(wù)總局發(fā)布《關(guān)于暫免征收尿素產(chǎn)品增值稅的通知》(財(cái)稅[2005]87號(hào))，自2005年7月1日起，對(duì)國(guó)內(nèi)企業(yè)生產(chǎn)銷售的尿素產(chǎn)品增值稅由先征后返50%調(diào)整為暫免征收增值稅。此時(shí)再出口尿素產(chǎn)品，不管是生產(chǎn)企業(yè)還是貿(mào)易企業(yè)均執(zhí)行視同內(nèi)銷的免征增值稅政策。

2014年國(guó)家有關(guān)部門開始醞釀化肥行業(yè)增值稅改革。若恢復(fù)征收增值稅的政策得以通過(guò)并實(shí)施，根據(jù)《增值稅暫行條例》所有化肥產(chǎn)品(除已經(jīng)列入民爆用品管理的硝酸銨)適用13%低稅率，尿素出口也視同內(nèi)銷按13%稅率征收增值稅。同時(shí)，尿素生產(chǎn)企業(yè)購(gòu)時(shí)煤炭、電力、天然氣、包裝袋等所支付的價(jià)款中對(duì)應(yīng)的增值稅進(jìn)項(xiàng)稅額可以抵扣，另外企業(yè)支付的動(dòng)產(chǎn)設(shè)備、原料及成品的運(yùn)輸費(fèi)用也可以按增值稅專用發(fā)票注明的稅額作為進(jìn)項(xiàng)抵扣。從一般納稅人購(gòu)進(jìn)的煤炭、電力、包裝、動(dòng)產(chǎn)設(shè)備對(duì)應(yīng)的增值稅稅率為17%，天然氣稅率為13%，營(yíng)改增后的運(yùn)輸費(fèi)用為11%。以煤炭和運(yùn)費(fèi)為例，免稅時(shí)計(jì)入成本的585元/噸和111元，征稅后分別扣除進(jìn)項(xiàng)85元/噸和11元，計(jì)入成本時(shí)分別為500元/噸和100元。所以，從財(cái)務(wù)成本角度講，同樣毛利情況下，恢復(fù)征收增值稅尿素產(chǎn)品的生產(chǎn)成本是下降的，含稅售價(jià)會(huì)小幅上升。

但是，按照增值稅征管原理，自恢復(fù)征收之日起再銷售(含出口)的尿素產(chǎn)品，就要按收到的總價(jià)款分按100：13分出銷售價(jià)款和增值稅額。但是，恢復(fù)日之后再購(gòu)進(jìn)的原材料、運(yùn)輸服務(wù)等才可以抵扣，而之前購(gòu)進(jìn)的存貨并不能抵扣。所以，企業(yè)持有的恢復(fù)日之前的存貨銷售對(duì)應(yīng)的增值稅會(huì)增加企業(yè)負(fù)擔(dān)。根據(jù)財(cái)政部、國(guó)家稅務(wù)總局《關(guān)于出口貨物勞務(wù)增值稅和消費(fèi)稅政策的通知》(財(cái)稅[2012]39號(hào))，一般納稅人出口不予退稅的貨物銷項(xiàng)稅額公式計(jì)算為：

銷項(xiàng)稅額=出口貨物離岸價(jià)÷(1+適用稅率)×適用稅率

2015年1月1日起若恢復(fù)征收13%增值稅，出口關(guān)稅和出口環(huán)節(jié)增值稅均成了FOB的價(jià)內(nèi)稅。企業(yè)不僅要從FOB價(jià)中內(nèi)扣出80元/噸的關(guān)稅上交給海關(guān)，還要將出口銷項(xiàng)稅額與可抵扣的進(jìn)項(xiàng)稅額之差交給國(guó)家稅務(wù)局。對(duì)于企業(yè)之前購(gòu)入的尿素存貨來(lái)說(shuō)，則承擔(dān)了更不合理的過(guò)重稅負(fù)。由于沒(méi)有進(jìn)項(xiàng)抵扣，恢復(fù)征收增值稅前購(gòu)進(jìn)用于出口的尿素存貨，每噸則要增加300元左右的稅負(fù)。