戰略石油儲備的巨額資金帶來了巨大的風險。市場價格波動或儲備運作的時機選擇不當，會帶來戰略石油儲備的購置風險；儲備過程中油品變質和安全問題則會帶來儲備風險—它們共同構成了戰略石油儲備的系統風險，使戰略石油儲備投入的資金處于不確定的敞口中。當管理模式落后時，油品品質必然存在瑕疵。
巨額成本
在美國，從1976年建立戰略石油儲備至1999年底，政府已為戰略石油儲備撥款212億美元，僅每年用于維護與經營的費用就需2億美元（約小于0.35美元/桶年）。石油儲備投資的分配比例是，75.4％用于購買石油，22.9％用于儲存設施建設與維護，1.7％為管理費用。而芬蘭，國家戰略石油儲備是由企業實際承擔的，企業將國家規定的義務儲備與企業商業儲備混合管理，每年進行7～10次油品輪換，進而降低了總的儲備成本。盡管如此，其原油義務儲備成本仍然高于美國，為20芬蘭馬克/噸（約0.4美元/桶年，50芬蘭馬克≈7.42美元），車用汽油為100芬蘭馬克/噸年。比利時的義務儲備成本包括儲罐租借、油品輪換和融資費用等，大約為0.911美元/桶年。挪威儲備運行和維護成本平均為1.12美元/桶年。
從這些國家儲備運行的年平均成本看，儲備規模越大，儲備成本越低，但其管理技術以及運行模式越復雜，絕對資金的需求越大，風險也越高。因此，各國政府非常重視戰略石油儲備的這些風險，并將如何有效轉移這些風險作為重點研究的課題。
美國政府的風險管理主要是通過市場運作實現的。它由總統下令，能源部具體運作，通過招標拍賣方式出售油品，來達到油品輪換和確保油品質量的目標。同時要求競買戰略石油儲備的企業必須原樣歸還拍走的油品，并必須支付一定比例的利息作為政府管理的風險補償。
美國政府在幾次動用戰略石油儲備中，不僅牢牢地控制住了國際市場的話語權，又穩定了國內的物價，同時還收獲了巨額的利息補償。而企業，如2000年9月，雖然在每桶33美元左右競買到了原油，但1年后企業可以在現貨市場上購買到不到20美元/桶的原油歸還給能源部的戰略石油儲備庫，同時企業必然增設NYMEX交易所原油期貨的空頭頭寸，企業既在高油價區獲得了穩定的原油，增加了市場成品油的供應份額，又在期貨市場的投資中獲得上百倍的投資收益。
美國的這種政府主導下的市場化運作方式的確有其成功的地方，但這都是基于其巨大的財政收入的支持。而沒有如此經濟實力的其他國家也只好放棄絕對由政府主導承攬建立的戰略石油儲備，進而形成了國際主流社會的一致選擇—企業的義務石油儲備。
考驗中國
中國若完成了三期戰略石油儲備的建設，總庫存將達到6600萬噸的儲備水平。如果依美國的管理模式，油價按每桶60美元計算，此時，庫中原油大約要占用2300億元左右的人民幣和約700億元人民幣的儲備庫維護與折舊等費用，且每年還需要大約13億元人民幣的石油儲備管理費，約占到2006年財政收入的7.7％，經營責任和風險都十分巨大。
責任和風險巨大的原因就在于中國目前沒有自己防范風險的有效機制和國際化的期貨市場，不能有效地將價格波動等風險轉移出去。表現在：一方面，原油采購需要被動承受國際油價波動的風險；另一方面，還要承擔建戰略石油儲備后的運營管理風險。同時，國內期貨市場又不能成為避險的場所，它既沒有大宗原油等國際化的交易品種，又沒有足夠的交易對手盤，使國內石油價格的風險需要全部通過價格管制來進行消化，石油儲備的責任也只好由財政全額負擔。
國際石油期貨市場是跨國石油公司規避風險的最重要的場所之一，也是國際石油貿易定價機制的重要信息源，同時也是僅次于金融市場的第二大準金融市場。就因如此，它才成為多達9萬億美元的國際游資（如對沖基金和其他投機基金等）獵殺、角逐、投機的重要戰場。它不僅使許多跨國石油公司在規避價格波動風險之余攫取到了操縱市場的暴利，同時也使沒有參與期貨市場做套期保值的企業品嘗到了期貨市場被人操縱后給自己帶來的苦果。
中國需要接受這一事實，他已經在國際市場上成為一個不可或缺的重要因素。從各種信息分析，中國因素并沒能轉化成中國實力、并在國際市場定價體系中獲得應有的地位。為此，應創造條件，在國際石油市場上將中國因素轉化為中國實力。雖然國務院已經批準了中國化工進出口總公司、中國聯合石油有限公司、中國國際石油化工化工有限公司、中國遠洋貿易總公司等特大型企業參與境外石油期貨交易，但參與主體的投入規模和分散交易等特征的制約，并沒有將中國因素提升為多少中國實力。
因此，還需要多方面的努力。首先，加快國內期貨市場的建設，推出相關大宗的石油期貨合約，放寬市場參與主體的進入門檻，優化期貨市場投資者的結構，建立石油資源滅失投資基金（誰消費誰出資，用于建立石油產業投資基金），完善制度與立法建設，使期貨投資基金和境外投資者在國內合法化；其次，積極主動地參與國際石油期貨市場，培育自己的國際人才，放寬市場準入，加快金融體制改革，將外匯資產和石油產業投資基金轉化為油源和中國的實力，完善跨國監管體系，研發企業參與國際期貨市場集體行動的可能性和操作策略，構建集團作戰體系；最終，通過內外兼修，構筑規避風險的體系。
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