中石油集團高層呼吁，“資源稅改革后，針對原油的特別收益金還會不會征收？這個問題國家會考慮”。
這位高層還稱，如果僅改革資源稅、不調整特別收益金的話，對企業發展會非常不利。
該高層稱中石油擔負著重大的國家戰略責任，“大型國有石油企業是保障中國油氣生產、供應的主力軍。要保證油氣資源的安全，要實施海外收購，都需要國有油企有足夠的實力和再發展的能力。”
他進一步說，中石油要實施國際化戰略，要收購海外的油氣資源，但“如果（資金）都給拿走了，公司現金流肯定要出問題，到時拿什么去收購？”
此前，中央新疆工作會議要求，通過資源稅等方面改革增加的財力，要重點用于改善民生，資源開發要更直接地惠及新疆各族群眾。
石油特別收益金制度于2006年3月建立實施。它是指國家對石油開采企業銷售國產原油因價格超過一定水平所獲得的超額收入按比例征收的收益金。石油特別收益金實行五級超額累進、從價定率計征，按月計算，按季繳納；征收比率按石油開采企業銷售原油的月加權平均價格確定，起征點為40美元/桶，超過60美元/桶按40%計征。
而此次新疆資源稅改革試點后，在新疆開采原油、天然氣繳納資源稅將從價計征，稅率為5%。如按4000元/噸的原油實現價格和5%的資源稅稅率計算，改革后的資源稅費達200元/噸，是原水平的六至七倍。
作為在疆最大的兩家原油生產商，中石油、中石化將受到明顯影響。據東北證券測算，資源稅改革后，僅以新疆來說，中石油的原油和天然氣將分別減利20億元和40億元左右，中石化將分別減利3.5億元和7億元左右。
不過，來自申銀萬國的分析則指出，新疆資源稅計征對兩大巨頭影響微小。原因在于，他們在新疆地區原油占比均在10%以上，天然氣占比非常少。新疆地區原油主要為稠油，中石油新疆油田60%左右為稠油，中石化西北公司600萬噸原油也基本為稠油，同時塔里木油田的天然氣60%為高含硫氣，因此大部分油氣銷售均能夠享受減征。
申銀萬國測算稱，此次征收，中石油、中石化分別新增稅款約25億元、4.5億元，對每股收益的影響分別為0.01元、0.004元，十分微小。
根據財政部、國家稅務總局6月1日公布的《新疆原油天然氣資源稅改革若干問題的規定》，納稅人開采的原油、天然氣，如果自用于連續生產原油、天然氣的，不繳納資源稅；如果在油田范圍內運輸稠油過程中用于加熱的原油、天然氣，免征資源稅；稠油、高凝油和高含硫天然氣資源稅則減征40%；三次采油資源稅也將減征30%。
另據國家發改委統計，2006年-2008年，中石油中石化兩大公司分別累計上繳特別收益金1600億元和530億元左右。
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